อุปกรณ์และเครื่องมือทางวิทยาศาสตร์ที่ยานสำรวจฮายาบูซะ2 ได้บรรทุกไปด้วย ได้แก่[13][14]

• เครื่องมือเพื่อการรับรู้ระยะไกล ได้แก่ กล้องนำทางเชิงแสง (Optical Navigation Camera, ONC-T, ONC-W1, ONC-W2) กล้องอินฟราเรดช่วงคลื่นสั้น (NIR3) กล้องอินฟราเรดความร้อน (Thermal-Infrared Camera, TIR) และไลดาร์ (LIDAR)
• เครื่องมือเพื่อเก็บตัวอย่าง ได้แก่ อุปกรณ์เก็บตัวอย่าง (SMP) ตัวปะทะติดตัวขนาดเล็ก (Small Carry-on Impactor, SCI) และกล้องปรับได้ (Deployable Camera, DCAM3)
• แลนเดอร์ (ยานลงจอด) และโรเวอร์ (ยานลงจอดเคลื่อนที่ได้) ได้แก่ Mobile Asteroid Surface Scout (MASCOT), MINERVA-II-1 ROVER 1A, MINERVA-II-1 ROVER 1B และ MINERVA-II-2 ROVER 2